MovableTypeのインストールディレクトリのtmplフォルダ内cmsフォルダに、拡張子.tmplのテンプレートファイルが格納されています。このうちpinging.tmpl（トラックバックping送信画面のテンプレート）、rebuilding.tmpl（再構築画面のテンプレート）をテキストエディタで開いてみると、doRedirect()というjavascriptのfunctionを呼び出しているsetTimeout()関数があります。

setTimeout('doRedirect()', 200);

　この200というのはミリ秒ですから、200を2000にすれば2秒待ってもらえます。
　junk_results.tmplは迷惑コメント削除画面のテンプレートのようです。
　わたしが触ったのはpinging.tmpl、rebuilding.tmplだけですが、同様にsetTimeout()で待っている箇所のあるものはタイムアウトをいじることができます。
　様子を見て長めにしてやったところ、症状は改善してきました。
　しかしkh.logさんによるとこれだけではダメなようで、実際わたしのところでも依然として時々エラーになります。
　面倒なのでとりあえずこれだけやって放置していますが（笑）、何か決定的方法はないものですかね。

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